De (intraveneuze) behandelduur van sepsis/bacteriëmie is onder meer afhankelijk van de specifieke verwekker, de bron van de infectie, het onderliggend ziektebeeld, comorbiditeit van de patiënt, de aanwezigheid van vreemd lichaamsmateriaal en of er een persisterende bacteriëmie is. Hieronder volgen enkele algemene richtlijnen:

Gram negatieve verwekkers:

• Gram-negatieve enterobacteriacae: twee weken na eerste negatieve bloedkweek
• H. influenzae en K. pneumoniae: 10 dagen
• Neisseria meningitidis: 7 dagen

Streptokokken en enterococcen:

• Streptococcen: 10 dagen
• Groep B streptococcen bij de neonaat: 10 dagen (meningitis uitgesloten); 14-21 dagen indien meningitis niet uitgesloten
• Enterococcen: duur afhankelijk van het focus, vaak 7 dagen

Stafylokokken:

• Coagulase negatieve stafylococcen: 7 dagen. Bij verwijderen van de bron (lijn, infuus), klinisch opknappen en geen tekenen van on-going sepsis (zoals bijv. trombocytopenie, oplopend CRP) kunnen antibiotica eerder gestaakt worden.
• Ongecompliceerde Staphylococcus aureus infecties =  infecties met bekende bron die verwijderd is:  minstens twee weken
• Gecompliceerde Staphylococcus aureus infecties = Bij onbekende bron, complicaties en/of persisterend positieve bloedkweken na 72 uur behandeling: behandelduur 4-6 weken